---

У цій роботі ми пропонуємо ефективний спосіб контролю контамінації(забруднення)біологічних зразків виду Sus scrofaчужорідним матеріалом на преаналітичному етапі у дослідженнях нуклеїнових кислот методом ПЛР. Оскільки ПЛР має високу чутливість, навіть мізерна кількість чужорідного біологічного матеріалу що містить ДНК може привести то хибних результатів. У випадку аналізу забруднених біологічних зразків з використанням диплоїдних ДНК-маркерів, суміш диких та мутантних гомозигот буде визначено як гетерозигота. На відміну від диплоїдних ДНК-маркерів, суміш двох різних гаплотипів визначаються однозначно. Забір біологічного матеріалу свині (вухо з биркою ідентифікаційного номера тварини). ДНК виділяли з епітеліальної тканини вушної раковини. У якості гаплоїдного маркеру були використані 5 SNPsмітохондріального геному. Дослідження проведено з залученням багатосайтового ПЛР-ПДРФ способу, особливість якого полягала у аналізі фрагмента D-петлі між позиціями 15531 і 15959 мітохондріального геному свині(GenBank: AJ002189.1).На цій ділянці розташовані один мономорфний 15558W і п’ять поліморфних сайтів рестрикції Tas I: 15580T > C, 15616T > C, 15714T > C, 15758T > C та 15916A > T. Наявність або відсутність сайту Tas I у зазначених вище позиціях визначає мітохондріальні гаплотипи, що позначені латинськими літерами від A до P (К. Почерняєв, 2017).ПЛР-ПДРФ аналіз зразків ДНК визначив на електрофореграмі фрагменти ДНК, які вказували на об’єднання двох та більше гаплотипів. Встановити наявність контамінації вдалося завдяки використанню багатосайтового ПЛР-ПДРФ способу, який припускає для мітохондріальної ДНК окремої тварини суворо дискретний набір рестриктних фрагментів. В сумі, розміри рестриктних фрагментів повинні складати 428 п.н., а наявність додаткових смуг ДНК вказують на об’єднання двох та більше гаплотипів. Таким чином, було продемонстровано, що використання гаплоїдних ДНК-маркерів дозволяє визначати забруднення зразків чужорідним біологічним матеріалом. Даний спосіб може бути використаний при дослідженні ядерної ДНК свиней, як лабораторний контроль якості на преаналітичному етапі, що дозволить зменшити витрати лабораторії, поліпшити організацію роботи та уникнути драматичних помилок при виконання генетичних експертиз.

Бібліографічний список

1. Почерняєв, К., Ф. Нові можливості багатосайтового способу визначення мітохондріальних гаплотипів свиней. Свинарство. Міжвідомчий тематичний науковий збірник Інституту свинарства і АПВ НААН. 2017. 69, 100-108. https://svinarstvo.com/zbirnyk/archive/69/69-100-108.pdf.
2. Furutani S., Nagai H., Takamura Y., Aoyamaa Y., Kubo I. Detection of expressed gene in isolated single cells in microchambers by a novel hot cell-direct RT-PCR method. Analyst. 2012. Vol. 137. P. 2951-2957. https://doi.org/10.1039/C2AN15866C.
3. Shunsuke F., Naoki S., Hidenori N., Yuri A., Izumi K. Development of a Detection System for Expressed Genes in Isolated Single Jurkat Cells. Sensors and Materials. 2014. Vol. 26 (8). P. 623–635. URL: https://sensors.myu-group.co.jp/sm_pdf/SM1029.pdf.
4. Luyao L., Xiaobin D., Yunping T., Guijun M., Zhongping Z., Lulu Z., Zewen W., Duli Y., Xianbo Q. Methods and platforms for analysis of nucleic acids from single-cell based on microfluidics. Microfluidicsand Nanofluidics. 2021. Vol. 25 (87). https://doi.org/10.1007/s10404-021-02485-0
5. Ma J., Tran G., Wan A. M. D., Young E. W. K., Kumacheva E., Iscove N. N., Zandstra P. W. Microdroplet-based one-step RT-PCR for ultrahigh throughput single-cell multiplex gene expression analysis and rare cell detection. Scientific Reports. 2021. Vol. 11 (1). P. 6777. https://doi.org/10.1038/s41598-021-86087-4.
6. Повх А. С., Романчук С. М. Контамінація під час молекулярно- генетичного дослідження. Причини її виникнення та наслідки. Криміналістичний вісник. 2018. №30(2). С. 106–115. https://doi.org/10.37025/1992-4437/2018-30-2-106.
7. Степанюк Р. Л., Іонова В. В. Призначення судової молекулярно-генетичної експертизи на стадії досудового розслідування: проблеми та шляхи їх вирішення. Вісник Луганського державного університету внутрішніх справ імені Е. О. Дідоренка. 2020. № 3(91). С. 307-319. https://doi.org/10.33766/2524-0323.91.307-319.
8. Balk C. Reducing Contamination in Forensic Science. Themis. 2015. Vol. 3. P. 222-239. https://doi.org/10.31979/THEMIS.2015.0312.
9. Angela G., Scot E. D., Susan G., Brian D., Rodrick J. C. Inherent bacterial DNA contamination of extraction and sequencing reagents may affect interpretation of microbiota in low bacterial biomass samples. Gut Pathogens. 2016. Vol. 8(24). https://doi.org/10.1186/s13099-016-0103-7.
10. Van Oorschot R. A. H., Szkuta B., Meakin G. E., Kokshoorn B., Goray M. DNA transfer in forensic science: A review. Forensic Science International: Genetics. 2019. Vol. 38. P. 140-166. https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2018.10.014
11. Georgina E. M., Bas K., Roland A. H. O., Bianca S. DNA transfer in forensic science. WIREs Forensic Sci. 2021. Vol. 3 (1404). P. 1-19. https://doi.org/10.1002/wfs2.1404.
12. Giovambattista G., Ripoli M. V., Lirón J. P., Villegas Castagnasso E. E., Peral-García P., Lojo M. M. DNA typing in a cattle stealing case. J. Forensic Sci. 2001. Vol. 46(6). 1484-6. PMID:11714164.
13. Budowle B., Garofano P., Hellman A., Ketchum M., Kanthaswamy S., Parson W., et al. Recommendations for animal DNA forensic and identity testing. Int J Legal Med. 2005. Vol. 119(5). P.295-302.https://doi.org/10.1007/s00414-005-0545-9.
14. Vashchenko P. A, Balatsky V. M, Pocherniaev K. F, Voloshchuk V. M, Tsybenko V. H, Saenko A. M, Oliynychenko Ye. K, Buslyk T. V, Rudoman H. S. Genetic characteristic of the Mirhorod pig breed by analysing single nucleotide polymorphisms. Agricultural Science and Practice. 2019. Vol. 6(2). P.47-57. https://doi.org/10.15407/agrisp6.02.047.